Área de la microcuenca: 44,6 km2
Longitud del cauce principal: 15,4 km
Localización: se ubica en el municipio de Medellín, en el sector centro norte del valle geográfico del río Aburrá-Medellín. Limita por el norte con las subcuencas de las quebradas El Ahorcado, El Molino y parte de Piedras Blancas; por el oriente con la cuchilla La Gulupera (divisoria de aguas de Piedras Blancas), hasta encontrarse con el Alto de Santa Bárbara, de allí hasta el Alto de las Brisas, punto de intersección de los municipios de Guarne y Rionegro; al sur con el municipio de Rionegro y Envigado, las subcuencas de las quebradas La Presidenta y La Poblada y al occidente con el río Aburrá-Medellín.
Tramo alto: desde el nacimiento de la quebrada Santa Elena y el sector Media Luna.
Tramo medio: va desde el sector Media Luna hasta el barrio El Plan.
Tramo bajo: desde el barrio El Plan hasta la desembocadura en la margen derecha del río Aburrá-Medellín.

Diagnóstico de problemas detectados

​Manejo de vertimientos:
  • En la zona alta, algunas viviendas tienen pozos sépticos para su tratamiento y otras hacen directamente el vertimiento al cauce principal contaminando las aguas de la quebrada La Santa Elena.
  • En la zona suburbana del corregimiento de Santa Elena, se evidencia un mejor manejo de las aguas residuales por la presencia de alcantarillado, sin embargo, existe un gran problema en algunos tramos, se percibe un remanso de aguas residuales en la tubería, ahogamiento y desborde, causando malos olores y problemas sanitarios.
  • La contaminación de la quebrada Santa Elena por los vertimientos individuales de agua residual doméstica son muy frecuentes y además, se le suma la contaminación aportada por parte de los vertimientos de gran magnitud sobre todo el tramo bajo de la quebrada.
Con respecto a residuos sólidos:
  • La mala disposición final de los residuos sólidos en la parte alta de la cuenca, se debe a la poca cultura de los habitantes y la falta de implementación de jaulas metálicas para el acopio de éstos, con el fin de evitar que roedores y perros la rieguen y contaminen luego.
  • Los residuos en el tramo medio de la cuenca están bien manejados, ya que hay presencia de puntos de acopio de basuras, recolección y actividad de reciclaje. Sin embargo, a pesar de estas buenas prácticas de manejo, existe una mala cultura en la gente que visita los sitios más atractivos de la quebrada, como es el caso de la cascada de agua; donde los visitantes hacen fogatas y dejan sus residuos sólidos ordinarios en las riberas y dentro del mismo cauce.
  • Mal manejo de residuos sólidos y escombros, tales como colchones, escombros y residuos sólidos ordinarios. Además, la presencia del habitante de calle en este tramo, con su actividad de reciclaje, deja residuos sobre ambas márgenes, contribuyendo a la mala presencia y el grave estado sanitario de la quebrada Santa Elena.
Con respecto a ocupación de cauce y obras hidráulicas: 
  • Elevado número de viviendas asentadas sobre el cauce de la parte baja de la quebrada.
  • Deterioro normal en la base de los muros de protección localizados sobre la quebrada.
Con respecto a procesos erosivos, movimientos en masa, usos del suelo y cobertura vegetal:
  • Movimientos en masa concentrados en las laderas de altas pendientes del tramo medio y bajo de la microcuenca.
  • La quebrada Santa Elena presenta zonas de amenaza alta por avenidas torrenciales en todos sus tramos, sin embargo el tramo bajo presenta un mayor riesgo debido a la alta densidad poblacional y de infraestructura que se encuentra cercana al cauce principal.​