La Subdirección de Proyectos es la dependencia encargada de la formulación, gestión, seguimiento y evaluación de proyectos de inversión.

​1. Dirigir el ciclo de vida de los proyectos establecidos en la planeación estratégica, brindando acompañamiento permanente a las diferentes dependencias de la Entidad para su adecuada formulación, ejecución, seguimiento y evaluación.

2. Dirigir las acciones necesarias para el registro de los proyectos de inversión en el banco de programas y proyectos de la Entidad, atendiendo los lineamientos de planeación institucional.

3. Liderar y orientar el diseño de estrategias para el acompañamiento y asesoría a los municipios asociados, en relación con la formulación y gestión de los proyectos de inversión.

4. Dirigir acciones para la gestión y generación de alianzas y convenios estratégicos con diferentes actores del sector público, privado y/o cooperantes internacionales para la gestión de recursos de inversión alineados a la planeación institucional.

5. Las demás que le asigne la ley, los estatutos o que correspondan con la naturaleza de la dependencia.

Equipo de Estructuración de Proyectos. Responsable de ejecutar las actividades requeridas para garantizar la planeación, ejecución, monitoreo, control y evaluación en la gestión de los proyectos de inversión, cumpliendo con los parámetros establecidos y las metodologías adoptadas por la Entidad.

Equipo de Convenios y Cooperación. Responsable de establecer los mecanismos y ejecutar las actividades necesarias para la generación de alianzas, formalización de convenios y el desarrollo de estrategias de cooperación en el marco de las políticas internas y el plan estratégico institucional, a través de los cuales se incentive la gestión de proyectos, el logro de metas y la obtención de resultados en términos de eficiencia, efectividad y calidad.​